L'équipe Pavillon Bleu gère et développe le label au quotidien. À cet effet, elle accompagne les communes et les ports de plaisance dans leur démarche de labellisation et les conseille dans la mise en oeuvre de leurs projets environnementaux.
Elle organise les grands moments du label (jury de labellisation, cérémonies, visites de contrôle, événements, etc.) et s'attache à valoriser et diffuser les bonnes pratiques des lauréats sur ses réseaux ou auprès de partenaires nationaux et internationaux. Son action est complétée par 4 auditeurs-conseil qui, pendant la saison estivale, s'assurent chaque année sur le terrain du bon respect des critères Pavillon Bleu sur l'ensemble des sites labellisés.